En 1535, à l’arrivée des Européens, Trois-Rivières est une plage où séjournent les autochtones durant la saison estivale. En dépit de ses atouts, elle demeurera un lieu de traite de fourrures saisonnier jusqu’en 1634, période à laquelle le Sieur de Laviolette établira un poste de traite de fourrures permanent, attirant ainsi les autochtones de la Vallée du St-Maurice et de l’Outaouais. Les guerres iroquoises viendront à bout de ce poste mais il reprendra vie aux 18e et 19e siècles.

En 1730, des produits en fonte et en fer fabriqués aux Forges de St-Maurice s’ajoutent au potentiel de la région. La distance de neuf milles entre les Forges et Trois-Rivières permet d’acheminer ces produits par bateau jusqu’à Trois-Rivières et ils seront par la suite écoulés sur les marchés canadiens.

Dès 1805, la juridiction du port relève de la Corporation de la Maison de la Trinité du Québec et avant 1815, n’ayant toujours pas d’installations portuaires à Trois-Rivières, les premiers vapeurs, qui effectuaient la navette entre Québec et Montréal, devaient s’ancrer au large de Trois-Rivières pour permettre le renouvellement du bois nécessaire pour chauffer les bouilloires. On transbordera donc passagers et marchandises par petits bateaux.

L’année 1818 correspondrait à la première installation portuaire, soit un quai et un hangar érigés non loin de la rue Saint-Antoine. À compter de 1836, l’ère du bois succède à l’ère de la fourrure car l’épuisement des forêts américaines provoque une forte demande pour le bois de sciage et le développement d’importantes scieries à la rivière Cachée et aux Grès. Pour permettre le flottage du bois jusqu’à Trois-Rivières, le gouvernement consacrera des sommes importantes dans l’aménagement de la rivière Saint-Maurice.

Le port trifluvien retire quelques bénéfices de l’ouverture de son arrière pays et en 1858, la construction du quai de la Ville assure, par bateaux, la liaison entre la rive nord et la rive sud du Saint-Laurent auquel s’ajoutent d’autres quais. Entre les années 1874 et 1879, 165 barges quittent le port avec leur cargaison de planches et quelques 198 navires battant différents pavillons partent avec leur cargaison. 165 d’entre eux partent à destination de la Grande-Bretagne.

Le 17 mai 1882, naît la Commission du Port de Trois-Rivières comprenant : un président, deux commissaires nommés par le gouvernement fédéral, le maire et le président de la Chambre de commerce de Trois-Rivières dont leur rôle consiste à voir à la bonne administration du port. Dès 1883, on fait l’acquisition de quais privés et on construit de nouveaux quais.

En 1885, suite au ralentissement du marché du bois de sciage, surgit la transformation du bois en papier par l’arrivée de moulins à papier à Grand-Mère et en 1902 à Shawinigan.

Grâce à l’aménagement hydroélectrique de la rivière Saint-Maurice, l’industrialisation trifluvienne s’accentue avec l’implantation de la Wabasso Cotton (1902), Canada Iron Foundry (1908), St-Maurice Paper Mill (1910), International Paper (1920) et St-Lawrence Paper en (1922).

En 1909, la Commission du Port de Trois-Rivières est propriétaire de 1 185 mètres de quais. En 1935, la dimension est de 2 743,2 mètres de quais auxquels s’ajoutent de nouvelles voies ferrées ainsi que de nouveaux hangars.

En 1936, l’ère du grain s’implante à Trois-Rivières et l’entrée en opération de l’élévateur à grain lui redonne la vocation de port d’escale. Le marché du grain représente alors 80% du trafic maritime contre 20% pour les produits régionaux. C’est également l’arrivée du Conseil des ports nationaux qui assume la direction du port et qui accentue le développement du port. La superficie des hangars double et la capacité des élévateurs à grain triple (un 2e élévateur en 1956 et le 3e en 1962). L’entreposage des marchandises en vrac nécessite des espaces plus vastes.

Entre 1936 et 1948, le port de Trois-Rivières se hisse au 2e rang des ports du Saint-Laurent en terme de volume de marchandises transbordées, en plus de se tailler une place enviable parmi les ports canadiens. Progressivement, au cours des cinquante dernières années, le port de Trois-Rivières se diversifie et s’adapte aux nouveaux marchés.

En 1982, le Conseil des ports nationaux devient la Société canadienne des ports, cette nouvelle législation donne plus d’autonomie aux ports canadiens. Le port de Trois-Rivières obtient alors le statut de port divisionnaire, c’est-à-dire qu’il est administré localement par un directeur-général mais sous la direction d’un bureau national.

En 1994, le port de Trois-Rivières est devenu le premier port en Amérique du Nord à détenir un certificat d’enregistrement pour la norme ISO 9002.

Le 1er mai 1999, à la dissolution de la Société canadienne des ports, l’Administration portuaire de Trois-Rivières a été crée en vertu de la Loi maritime du Canada. Un conseil d’administration composé de sept membres, dont la majorité sont nommés, par le ministre des Transports, en consultation avec les utilisateurs du port. À titre de nouvelle administration portuaire canadienne (APC), le port de Trois-Rivières dispose des outils nécessaires pour mener ses activités d’une manière plus commerciale, plus efficace et plus opportune. De plus, elle jouit maintenant de l’autonomie et de la latitude nécessaires pour fonctionner selon des principes commerciaux.